Graphviz の subgraph を明示的に描画させるには subgraph の名前を cluster で始めないといけない．このへん (The DOT Language | Graphviz - Graph Visualization Software) に

If the name of the subgraph begins with cluster, Graphviz notes the subgraph as a special cluster subgraph.

と書いてある．

関係ないけれど subgraph と subgraph の間にエッジを設定したい場合は dot ではなく fdp を使えば良い．